Historia kościoła sięga 1272 roku, kiedy to książę Konrad Garbaty sprowadził do Żagania zakon franciszkanów. W niewiele lat później wybudowali oni niedaleko murów miejskich kościół i klasztor. Niecałe 200 lat cieszyła się świątynia spokojem, w 1485 roku została odbudowany po pożarze. W 1539 roku przeszła w ręce gminy ewangelickiej. Wówczas, w związku z inną formą liturgii, część wyposażenia została sprzedaniu lub uległa zniszczeniu.

Na początku XVII wieku, w 1604 roku dobudowano wieżę do fasady zachodniej, a wnętrze otrzymało empory. W tym czasie zmianie uległy także gotyckie okna, które skrócono poprzez częściowe zamurowanie od dołu. W 1632 roku książę Wallenstein sprowadził do Żagania zakon jezuitów. Od tego czasu, z przerwą w latach 1635-1652, kiedy znowu dysponowali nim ewangelicy, kościół i klasztor stanowił własność zakonu. Jezuici przebudowali wieżę w duchu klasycystycznym. Po kasacie zakonu w 1810 roku użytkowany był przez katolików. Pomimo pożarów i przebudów bryła kościoła zachowała gotycki charakter z początku XIV wieku. Generalnie kamienne elewacje przepruwają duże, zamknięte ostrołucznie okna, wypełnione gotyckimi maswerkami, osadzone w szerokich rozglifieniach. Wnętrze zamykają XVI wieczne sklepienia; w nawie sieciowe, w prezbiterium kryształowe. Wyposażenie wnętrza złożone z ołtarza, rzeźb, ambony pochodzi z baroku i powstało po 1730 roku.