Cmentarz pw. Św. Jana swoją nazwę zawdzięcza kościołowi pod tym samym wezwaniem, który w przeszłości znajdował się na jego terenie. Początków świątyni, jak i przykościelnego cmentarza, należy upatrywać w XIII w. Miała to być budowla kamienno-drewniana posiadająca wieżę i dzwon. Kościół związany był z funkcjonującą u stóp Wzgórza Winnego (dawniej Góra Ceglana) przedlokacyjną osadą rolniczą. Założona miała być z inicjatywy Henryka Brodatego w 1222 r. przy Złotej Łączy przez osadników słowiańskich. W swojej historii kościół świętojański spłonął co najmniej 2 krotnie. Pierwszy pożar miał strawić świątynie w 1582 r. i dopiero w 1619 r. miała zostać odbudowana. Kolejny kataklizm miał nastąpić w 1652 r. i po tych wydarzeniach nie podjęto trudu odbudowy. Cmentarz w dokumentach z XVII w. określano jako coemeterium pestiferorum (łac.), czyli dla zmarłych na dżumę. Zdaniem dr. B. Gruszki i mgr. S. Kałagate ostatnie pochówki mogły odbywać się na jego terenie jeszcze w XIX w. Ostatecznie teren cmentarza miał zostać zniszczony w pod koniec XIX w., kiedy to podwórka budynków położonych przy pl. Jana Matejki zaczęto wykorzystywać w celach gospodarczych. W związku z nową funkcją tego terenu przeprowadzono znaczną niwelację północnej części pagórka, na której znajdował się cmentarz wraz z reliktami kościoła. Zniszczono tym samym większość znajdujących się w obrębie nekropolii grobów.
Do 2020 r. cmentarz był błędnie lokalizowany przez historyków, w tym niemieckich. Przełom nastąpił dopiero w 2019 r., kiedy to natrafiono na plan Zielonej Góry z 1812 r., na którym zaznaczono cmentarz Św. Jana oraz zamykającym go mur. W celu weryfikacji źródeł kartograficznych oraz w związku z planowaną budową parkingu w tym miejscu, w 2020 r. rozpoczęto badania sondażowe pod kierownictwem dr. B. Gruszki. W większości odkrywek natrafiono na szczątki ludzkie znajdujące się w warstwach niwelacyjnych oraz w wkopach budowlanych datowanych na XIX i XX w. Nienaruszone groby oraz ossuaria zostały odkryte w sondażach znajdujących się przy południowej granicy historycznego cmentarza, gdzie prawdopodobnie przeprowadzono płytszą niwelację terenu. W jednym z wykopów natrafiono na zbiorową mogiłę, w której pochowano 12 osób. U części pochowanych stwierdzono dekapitację głowy, co może świadczyć o praktykach antywampirycznych.
Kolejnym z ważnych odkryć było natrafienie na relikty kamienno-ceglanego muru o konstrukcji filarowo-łękowej zachowanego na odcinku 42,5 m. Na podstawie przeprowadzonych badań architektonicznych wyróżniono 4 fazy. Najstarszą, gotycką fazę budowy wydatowano na początek XV w. Konstrukcja została rozebrana do poziomu ławy fundamentowej w 2. poł. XIX w. i na początku XX w.
Cmentarz pw. Św. Jana wraz z zachowanym murem, z uwagi na znaczenie dla badań nad najwcześniejszą historią Zielonej Góry, posiada znaczne wartości historyczne i naukowe. Jest także najważniejszym elementem nad badaniem rozwoju miasta w jego 800 letniej historii. Do momentu badań prowadzonych na jego terenie, przedlokacyjne osadnictwo znane było wyłącznie ze źródeł historycznych, badań archeologicznych prowadzonych w obrębie zielonogórskiego rynku oraz z nielicznych materiałów ceramicznych rozproszonych na jego terenie. Pozyskanie szczątków ludzkich najdawniejszych zielonogórzan, przy zastosowaniu metod z dziedziny genetyki, antropologii fizycznej i paleoklimatologii pozwoli przybliżyć nam informację o pochodzeniu, diecie oraz chorobach jakie dręczyły ówczesnych ludzi.
Nie bez znaczenia są także wartości artystyczne, historyczne i naukowe zachowanego muru cmentarnego. Budowla oddzielająca strefy sacrum i profanum będąca integralnym elementem założenia stanowi jeden z 3 znanych przykładów budownictwa gotyckiego na terenie Zielonej Góry.
„Międzyrzecz – zamek piastowski z zespołem dworsko- parkowym” uznany rozporządzeniem Prezydenta RP za pomnik historii
Rozporządzeniem Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 13 listopada 2024 r. „Międzyrzecz – zamek piastowski z zespołem dworsko- parkowym” został uznany
