Początki kościoła w Chlastawie nie są znane. Można przyjąć, na podstawie zachowanych informacji, iż obecny, ufundowany w roku 1637 r. przez Radislausa Miesitschka / Budzisława na Mesczykowie, Męczyckiego?/ i jego żonę Małgorzatę z Brudzewskich, obiekt, zbudowano na miejscu istniejącej tu wcześniej kaplicy, zniszczonej w roku 1635 przez pożar. Po ponownej konsekracji w roku 1663 zaczął się dla kościoła pomyślny okres obfitujący w fundacje. Ich wynikiem było powstanie, dzięki dobudowaniu drewnianej dzwonnicy, ciekawego zespołu kościelnego o interesującym wystroju i wyposażeniu. W XIX wieku kościół popadł w stan bliski ruiny, a od planowanej na pocz. XX wieku rozbiórki uchronił go ówczesny właściciel dóbr w Chlastawie, Seweryn Zakrzewski oraz konserwator prowincji poznańskiej, Kämmer. Byli oni inicjatorami podjętej restauracji świątyni i jej wystroju. Również wtedy przebudowano i rozbudowano obiekt, podwyższając go o 0,5m i dodając wieżę o malowniczej formie , z izbicą i strzelistym, iglicowym dachem, krytym, jak całość świątyni, gontem. 15 marca roku 1911 odbył się odbiór prac konserwatorskich i przekazanie obiektu gminie, który do 1945 roku pełnił funkcje świątyni protestanckiej.
W obecnym stanie kościółek w Chlastawie jest jednym z najpiękniejszych drewnianych obiektów sakralnych naszego regionu, a wraz z dzwonnicą i starodrzewem tworzy najbardziej malowniczy zespół sakralny
