Metryka fary miejskiej w Dobiegniewie sięga XIV wieku. Gotycką świątynię wzniesiono w okresie średniowiecza, w którym doszło do powstania miasta i jego znacznego rozwoju. Pomimo wielokrotnych pożarów jakie nawiedzały miasto, kościół przetrwał do naszych czasów. Pierwsza wzmianka o kościele dobiegniewskim została zawarta w dokumencie z 1335 r., opisującym fakt przekazania przez margrabiego Ludwika Starszego prawa patronatu nad kościołem kolegiacie w Myśliborzu. Dokładna data budowy kościoła nie została udokumentowana źródłowo. Jednak opierając się o dostępne dane historyczne można przypuszczać, że istniejącą budowlę wybudowano na miejscu świątyni z pocz. XIV w. Prawdopodobnie tuż po pożarze w 1417 r. Architektura świątyni została ukształtowana w średniowieczu i w XIX w. Wskazuje na to zachowany korpus nawowy w stylu późnogotyckim i neogotycka wieża. Od początku swojego istnienia kościół poświęcony był Najświętszej Maryi Pannie, co poświadcza informacja ufundowania w 1336r. ołtarza głównego ku czci tej patronce.
Od czasu budowy do 1534 r. była to świątynia katolicka, którą w okresie reformacji przekształcono na kościół protestancki. W wyniku tego zmieniono wyposażenie kościoła, dostosowując je do nowej liturgii. Po tym jak podczas pożaru w 1641r. spaleniu uległa prawie cała zabudowa miasta i częściowo kościół, rozpoczęto jego odbudowę, w którą zaangażował się sam elektor brandenburski Fryderyk Wilhelm. Po ukończeniu prac w 1647 r. wstawiono nowy ołtarz ufundowany m.in. przez rody von Koppen i von Bornstedt. W 1652 r. ukończono odbudowę wieży. Po powtórnym pożarze w 1710 r. postawiono nową wieżę, którą ukończoną w 1859 r. Projekt wybudowanej wieży zatwierdzał sam król Fryderyk Wilhelm IV. W czasie II wojny światowej kościół ocalał. Po wojnie został on przejęty przez parafię rzymsko-katolicką i poświęcony 1 listopada 1946r.
