Zakon joannitów założony został ok. 1130 roku jako zakon krzyżowy, wywodzący się z bractwa przy szpitalu św. Jana Chrzciciela w Jerozolimie, którego początki sięgały 1070 roku. Celem działalności zgromadzenia była walka z niewiernymi i opieka nad pielgrzymami. Po zdobyciu Jerozolimy przez niewiernych, joannici przenieśli się na Cypr, a następnie na Rodos, gdzie utworzyli własne, suwerenne państwo. W 1530 roku osiedli na Malcie. Posiadali też posiadłości we wszystkich państwach europejskich, zorganizowane w ramach balliwatów i podległych im komandorii. Zakon joannitów w Brandenburgii w okresie reformacji został zeświecczony, a jego kawalerowie przyjęli wyznanie protestanckie. W 1810 roku na terenie państwa brandenbursko-pruskiego nastąpiła sekularyzacja dóbr zakonnych. Brandenburski balliwat joannitów został przywrócony w 1855 roku jako elitarne stowarzyszenie kultywujące tradycje rycerskie i samarytańskie. Po 1945 roku został odbudowany w Zachodnich Niemczech.
Joannici przybyli do Słońska w latach 1426-1427. Wcześniej miejscowość należała m.in. do rycerzy z rodu von Uchtenhagen, którzy założyli tutaj zamek. Joannici obrali Słońsk na siedzibę balliwatu i przystosowali zastaną budowlę zamkową do swoich potrzeb. O szczególnych wartościach kulturowych Słońska decyduje wysoka ranga dwóch zabytkowych obiektów architektonicznych. Należą do nich pojoannicki kościół parafialny oraz zamek – prestiżowa rezydencja balliwów brandenburskich. Stopniowo, dzięki ofiarności kawalerów zakonu i ich mistrzów, wyposażano kościół oraz stojący nieopodal zamek w znakomite dzieła sztuki, nadające niezwykłego blasku i splendoru ich wnętrzom.
Dawny kościół joannitów znajduje się po północnej stronie miejscowości, po zachodniej stronie zamku, pozostającego obecnie w stanie ruiny. O wcześniejszej kaplicy zakonnej, znajdującej się przed zamkiem, wzmiankowanej przed 1460 rokiem, nic bliżej nie wiadomo. Świątynia jest orientowana, murowana z cegły, wzniesiona w stylu późnogotyckim w latach 1480-1508 z inicjatywy mistrza Richarda von Schulenburga. Budowla otrzymała plan prostokątny, z wielobocznym zamknięciem po stronie wschodniej. W sensie architektonicznym jest to trzynawowa, czteroprzęsłowa hala z obejściem i wielobocznie zamkniętym prezbiterium. Po stronie północno-wschodniej znajduje się czworoboczna zakrystia a po zachodniej czworoboczna wieża. Masyw wieżowy był wielokrotnie przebudowywany i remontowany, w tym zwłaszcza po 1665 i 1694 roku oraz po pożarach w 1817 i 1847 roku. W obecnym swym kształcie wieża posiada neogotyckie cechy stylistyczne nadane jej w latach 1814 -1815 za sprawą znanego berlińskiego architekta Karla Friedricha Schinkla.
Dirk Schumann dla układu przestrzennego kościoła w Słońsku znajduje odniesienia formalne w późnośredniowiecznych kościołach farnych na terenie Dolnych Łużyc oraz Ziemi Lubuskiej. Zarazem zaznacza, iż obejście wokół prezbiterium posiadało również zalety natury czysto funkcjonalnej, ponieważ dawało wiernym możliwość prowadzania procesji wokół chóru oraz intensywnego uczestnictwa w liturgii. Natomiast krótki korpus powodował nawiązanie do przestrzeni centralnej, a więc bez wątpienia bardziej prestiżowej.
Korpus budowli, pierwotnie tynkowany, opięty jest masywnymi przyporami, pomiędzy którymi znajdują się ostrołucznie zamknięte okna doświetlające wnętrze. W latach 1520-1522 nad wnętrzem świątyni założono z inicjatywy mistrza Georga von Schlabrendorfa sklepienia gwiaździste, zdobione ponad 200 zwornikami o średnicy od 13 do 20 cm, stanowiącymi dzięki zawartymi w nich przedstawieniach, unikalny w skali regionu zespół późnośredniowiecznej rzeźby. W kolistych polach terakotowych zworników wyobrażono m.in. Chrystusa, Matkę Bożą, Proroków, Apostołów oraz innych świętych, w tym Jerzego, Erazma, Dionizego, Sebastiana, Stefana, Krzysztofa, Katarzynę Urszulę, Dorotę, Helenę, Apolonię, a także zwierzęta, budowle, insygnia władzy i insygnia zakonne, symbole ewangelistów, symbole zodiakalne oraz inne przedstawienia o charakterze symbolicznym. Sklepienia kościoła pokryte są malowidłami o motywach floralnych z wkomponowanymi przedstawieniami heraldycznymi, w tym rozbudowanymi herbami państwa brandenbursko-pruskiego oraz herbami mistrzów. Obecne malowidła pochodzą w gruncie rzeczy z 1925 roku i stanowią efekt daleko idącej konserwacji nowożytnej polichromii. W trakcie prac konserwatorskich prowadzonych w latach 90. XX wieku odnaleziono w partii sklepienia chóru nowożytne malowidła, składające się z linearnych motywów roślinnych w ramach wysklepków sklepiennych.
W połowie XVII wieku mistrz Jan Maurycy von Nassau-Siegen przebudował kościół i na nowo zaaranżował wnętrze, wyposażając świątynię w szereg cennych dzieł sztuki. Sporządzone w latach 1652-1662 kosztorysy dotyczą m.in. dwóch wiszących, mosiężnych świeczników oraz jednego krucyfiksu wykonanego w Berlinie. J.Ch.Beckmann stwierdził, że Jan Maurycy von Nassau tak odnowił kościół i tak kazał go urządzić, że prawie ze wszystkich stron można było zobaczyć kaznodzieję. Z tego też czasu w kościele zachował się barokowy krucyfiks umieszczony na belce tęczowej. Najcenniejszym jednak elementem wyposażenia świątyni pozostaje ołtarz z przedstawieniami wykonanymi w alabastrze i białym marmurze, pierwotnie złocone i srebrzone, zrealizowany w końcu XVI wieku przez anonimowy warsztat z kręgu sztuki niderlandzkiej. Ołtarz ten został w 1626 roku przeniesiony z berlińskiej kaplicy zamkowej z inicjatywy katolickiego ministra i mistrza Adama von Schwarzenberga. W latach 1652-1662 za sprawą Jana Maurycego von Nassau-Siegen wykonano dla niego nową, drewnianą oprawę architektoniczną oraz dodano kolejne płaskorzeźbione plakiety. Ołtarz jest w typie architektoniczny, wielokondygnacyjny z centralną osią, w której umieszczono historię Zbawienia, w tym przedstawienia Ostatniej Wieczerzy, Ukrzyżowania, Zmartwychwstania i Wniebowstąpienia oraz wiele, wiele innych. Do cennych elementów wyposażenia świątyni zalicza się sześcioboczną, drewnianą chrzcielnicę z 1658 roku wykonaną przez mistrza Michaela Vorderreutera z Kostrzyna oraz ambonę ze śląskiego marmuru z 1773 roku będącą dziełem Kambly’ego z Poczdamu. W nawie kościoła eksponowana jest też płyta nagrobna Agnieszki von Troschke z domu von Hohenstein, zmarłej w 1576 roku. Z wystroju świątyni zachował się ponadto fragment marmurowego popiersia Carla Wilhelma hrabiego Fink von Finkenstein z 1801 roku, wykonanego przez Gottfrieda von Schadowa, o czym świadczy sygnatura umieszczona na spodniej partii cokołu. Relikt popiersia odnaleziono w latach 90. XX w. i przechowywany jest w Urzędzie Gminy w Słońsku. Ponadto na szczególną uwagę zasługują organy piszczałkowe umieszczone na emporze po zachodniej stronie świątyni. Zostały one wykonane w 1845 roku w pracowni Bucholtza i należą do najstarszych w regionie. Instrument poddawany jest obecnie pracom konserwatorskim. Dopełnieniem wystroju świątyni są umieszczone w oknach korpusu nawowego witraże z motywami heraldycznymi, wykonane w 1925 roku i ufundowane ku czci kawalerów zakonu joannitów poległych w czasie I wojny światowej.
Z innych elementów historycznego wystroju i wyposażenia, zniszczonych lub rozproszonych po zakończeniu II wojny światowej, wymienić należy ławy z lat 1652-1662, empory z 1773 roku, z których zachowała się część zachodnia oraz pamiątki po Janie Maurycym von Nassau-Siegen, popiersia dygnitarzy zakonnych, herb państwa brandenbursko-pruskiego, płyty i pomniki nagrobne, tablice pamiątkowe, żyrandole, argentaria, w tym lichtarze ołtarzowe, kielichy z patenami, puszka na komunikanty i wiele innych.
Na szczególną uwagę zasługuje zwłaszcza zespół tablic herbowych w liczbie 739 egzemplarzy poświęconych kawalerom zakonu joannitów balliwatu brandenburskiego. Najstarsze spośród nich zostały wykonane po 1652 roku, zdecydowana jednak większość w 4 ćwierci XIX wieku. Zespół uzupełniany był jeszcze w 1 połowie XX w., nawet do 1942 roku. Tablice herbowe, średnio o wymiarach 70×50 cm, wykonane zostały techniką olejną na deskach dębowych lub sosnowych i sporadycznie na płótnie. Widnieją na nich herby wraz inskrypcjami odnoszącymi się do konkretnych kawalerów zakonu, niekiedy z podaniem daty ich inwestytury. W 1945 roku tablice zostały przewiezione do Archiwum Akt Dawnych w Warszawie, a następnie przekazane na Zamek Królewski w Warszawie. W 1988 roku, wskutek niefortunnej decyzji, tablice herbowe zostały niemal kompletnie sprzedane i wywiezione za granicę. W Zamku Królewskim w Warszawie pozostało jeszcze około 140 tablic, pochodzących z kościoła i zamku, w większości w formie destruktów. Zostały one powierzone Wojewódzkiemu Konserwatorowi Zabytków w Gorzowie Wlkp., z intencją przekazania ich do kościoła w Słońsku. W latach 1998-2007 część spośród nich została poddana konserwacji.
Od lat 90. XX wieku trwają prace zmierzające do przywrócenia świątyni dawnego blasku. Przełożono m.in. dach, poddano konserwacji ołtarz, ambonę, witraże oraz sklepienie. Prowadzone są kolejne prace. Jest to możliwe nie tylko przez wzgląd na zaangażowanie strony polskiej, w tym szczególności władz kościelnych, konserwatorskich, samorządowych oraz osób prywatnych, ale też strony niemieckiej. Szczególnie aktywni w dziele konserwacji słońskiej świątyni i elementów jej wystroju pozostają przedstawiciele zakonu joannitów, którzy dopomogli w zdobyciu środków finansowych na poszczególne przedsięwzięcia oraz wspierają zadania pod względem merytorycznym i organizacyjnym.
Kościół joannitów w Słońsku jest budowlą niezwykle prestiżową, pełniącą pierwotnie funkcje świątyni zakonnej a następnie kościoła farnego. Jego majestatyczna bryła wraz ze smukłą wieżą posiada szczególne wartości architektoniczno-przestrzenne w krajobrazie kulturowym miejscowości. Wewnątrz kościoła zachowało się wiele cennych elementów wystroju i wyposażenia, świadcząc o szczególnej randze tej świątyni.
